Tal y como ha recogido Medicus Mundi Gipuzkoa en su memoria de actividades y sus cuentas de 2013, la ONG destinó el pasado año más de un millón de euros a un total de 24 proyectos de cooperación (un 83,79% del gasto) y sensibilización (un 10%). La asociación desarrolla proyectos de cooperación en Ruanda, Etiopía, India, Ecuador y Perú y también en el mismo territorio, donde ejecutó siete proyectos además de participar en redes como la Plataforma Pobreza Cero.