El proyecto ha suscitado críticas y rechazo en una parte de la sociedad vasca, que lo ha acogido de forma indiferente o contraria.
Entre las cuestiones criticadas, sostienen que la infraestructura no es vertebradora del País Vasco y no presta un servicio interno.
Las distintas alternativas no sería un tren de alta velocidad, sino un tren de velocidad alta que circularía con velocidades entre los 170 y los 200 km/h. ya que compartiría, en parte, las circulaciones de cercanías y mercancías aprovechando al máximo la infraestructura.
La otra alternativa proyecto del trayecto U, en vez de la Y.
La crítica al argumento de "tener que igualar en ancho de vía con el europeo" cuándo a su entender no existe ningún problema teniendo el Sistema Brava de tecnología vasca que lo soluciona.
Decían que la Y Vasca convertirá también al ferrocarril en una alternativa eficaz a la carretera en los desplazamientos entre las 3 capitales.
Ahora se teme que el futuro sea menos competitivo tras conocer que es más lento que anunciaba en el proyecto:
 Proyecto: Bilbo - Gasteiz, 28m; Donosti - Gasteiz; 34m. Donosti- Bilbo, 38m.
Ana Pastor: 40m, 50m y 50m respectivamente.
 Manuel Niño: 43m, 55m y 55m.
De la Y Vasca: "Un proyecto de País", "una conexión internacional". Y de El tren,"la sostenibilidad", "un futuro sólido para Euskadi"… según llegan las visitas de los personajes responsables a Euskadi, todas retrasan la duración del viaje… y así va a llegar a ser un tren “Lechero”.
Saludos.