Javier Flaño disputó 180 partidos oficiales en el primer equipo de Osasuna divididos en dos etapas (2005-2009 y 2014-2018). Siempre será recordado por el gol que marcó el 7 de junio de 2016 en la Nova Creu Alta de Sabadell, un tanto que llegó en el tiempo de descuento y sirvió para que la entidad rojilla lograse la permanencia en Segunda División.

Actualmente, milita en la Unión Deportiva Logroñés del Grupo II de Segunda División B.