Dès le début des travaux, les promoteurs du projet ont dû faire face à l'incertitude quant à la date prévue pour la connexion du Y Basque aux réseaux LGV des Etats espagnol et français, pourtant primordiale pour la viabilité du projet. Incertitude qui ne les a pas empêchés de poursuivre les travaux coûte que coûte.

Pour les universitaires David Hoyos et Germà Bel le projet d’Y Basque n'est pas financièrement viable et il n'est pas non plus socialement rentable