La racha negativa ante el Atlético comenzó el 21 de marzo de 2012, apenas tres meses después de la llegada del técnico argentino al Manzanares, en un partido de Liga que el Atlético venció por 2-1. El 9 de mayo de ese mismo año, ambos equipos se enfrentaron en Bucarest con el título de la Europa League en juego. El conjunto madrileño levantó el trofeo después de ganar a los de Marcelo Bielsa por un rotundo 3-0.

La temporada siguiente, la 2012-13, el Atlético goleó al Athletic en el Calderón por 4-0 y en la segunda vuelta en San Mamés el conjunto bilbaino se tomó la revancha consiguiendo su único triunfo en estos años por 3-0, el 27 de enero de 2013.

En la 2013-14, ya con Ernesto Valverde en el banquillo, Athletic y Atlético se midieron tanto en Liga como en Copa con un rotundo saldo de cuatro triunfos para los de Simeone.

En competición liguera, los 'colchoneros' ganaron tanto en casa, por 2-0, como en Bilbo, por 1-2. Además, pasaron a las semifinales de Copa al ganar los dos partidos, la ida en el Calderón por 1-0 y la vuelta en San Mamés por 1-2.

En las cuatro últimas campañas, el Athletic solo ha conseguido mejorar ligeramente esa estadística con dos empates, un 0-0 en el Calderón en la 2014-15 y un 2-2 en San Mamés en la 2016-17.

Los siete partidos restantes se saldaron con victoria madrileña. En tres ocasiones en Bilbo, por 1-4 en la campaña 2014-15, por 0-1 en la 2015-16 y por 1-2 en la 2017-18.

En campo madrileño esas derrotas del Athletic fueron por 2-1, en la 2015-16; por 3-1 en la 2016-17, en la despedida del Calderón; y, ya en el Wanda Metropolitano, por 2-0, en la 2017-2018, y 3-2, el pasado noviembre.