La decisión de Iñigo Urkullu de desligar Emakunde de Lehendakaritza –a la que está adscrita por la propia ley de creación del Instituto de 1988– y llevarla al Departamento de Igualdad, Justicia y Políticas Sociales ha despertado críticas tanto a título personal, de mujeres que dirigieron el organismo, como también de grupos políticos.