Cabe recordar que el Ejecutivo navarro encargó en octubre de 2015 el inicio del expediente de legalización de los usos del Palacio de Nafarroa y su entorno y la redacción de un Plan director de ordenamiento normativo, usos y mantenimiento. Así, se inició la tramitación para obtener la licencia de actividad clasificada, que fue otorgada por el Ayuntamiento de Iruñea en noviembre de 2016.
En este conjunto arquitectónico del Palacio de Nafarroa merece una especial consideración el edificio del antiguo Archivo General, que actualmente se encuentra en desuso debido al estado ruinoso que presentaba el tejado, y que afectaba al interior del inmueble. Por ello, se dio prioridad a la rehabilitación de las cubiertas del Archivo, cuya ejecución ya ha finalizado.
Se trata de un gasto plurianual que se abonará con cargo a los ejercicios presupuestarios de 2018 (2.409.610 euros) y 2019 (456.758 euros). Del total de 2.866.368 euros, al presupuesto de arquitectura se destinan 1.829.552 euros, a instalaciones 808.779 euros, y a la fuente del jardín, 228.036 euros.