Aunque hubo otros antecedentes la denominada «rebelión de los profesores contratados», con los acontecimientos de los años 1990 y 1991 liderados por la asamblea de profesores asociados, forjó las bases del nacimiento del colectivo de profesores despedidos de la UPV. La combinación de la persistente lucha mantenida por estos profesores durante muchos años, la movilización también casi permanente de los estudiantes abertzales por sus reivindicaciones propias, unida a las presiones ejercidas por los partidos nacionalistas vascos y catalanes ante la LOU y su posterior reforma. Y en un contexto de presión por el cambio universitario en las universidades vascas y españolas propiciaron primero el anclaje del contrato laboral en la LOU del PP y, más tarde en 2004, la creación de figuras contractuales propias mediante la Ley Vasca de Universidades o «ley Iztueta». En la aprobación de esta ley tuvieron una gran influencia las organizaciones y sindicatos abertzales, así como el sector más nacionalista de EA. El recurso de inconstitucionalidad contra algunos aspectos relevantes de la «ley Iztueta» paralizó durante tres años el desarrollo de esas figuras propias. Sin embargo, con la reforma de la LOU, apoyada por el PNV y Convergencia, el tema se desbloqueó y la ley por fin pudo entrar en vigor plenamente en el año 2007. Esta norma creó nuevas figuras contractuales propias equiparadas a las de los funcionarios, figuras que junto a otras de profesorado no permanente permitían, al menos en teoría, el desarrollo de una carrera profesional para el profesorado laboral. Las disposiciones transitorias habilitaban el acceso de los anteriores contratados administrativos a la condición de permanentes estabilizándose su situación laboral. La «ley Iztueta» introdujo, amén de las competencias sobre el profesorado contratado, la Agencia de Evaluación Vasca y el Plan Universitario, que junto a la capacidad financiera del Gobierno vasco otorgaban a este, en principio, un considerable poder de influencia en el diseño y ejecución de la política universitaria y, en consecuencia, en el control de la propia Universidad.
       

Sin embargo, la crisis económica y la política implementada por el Estado español para superarla  han puesto de manifiesto la fragilidad de los cimientos en los que se apoyan las instituciones vascas para regular y desarrollar una política propia en la esfera educativa en general y universitaria en particular. Los recortes y otras medidas aplicadas por el Estado han demostrado la ausencia de mecanismos de bloqueo capaces de detener sus efectos negativos. En la Universidad ello se ha traducido en reducciones salariales, congelación de plazas, disminución de la ayuda a la investigación y proliferación de categorías contractuales precarias. Hoy día existe un auténtico ejercito de profesores, muchos de ellos euskaldunes con doctorado y cualificación profesional, que no consiguen acceder a un puesto estable bien por la ausencia de plazas, bien porque no obtienen la acreditación necesaria debido a las fórmulas de evaluación utilizadas que no tienen en cuenta sus méritos reales y su singularidad lingüística. A pesar de la existencia de una ley universitaria calificada en su día de propia, la realidad es que se ha formado un tapón en la promoción docente que anula la capacidad de realizar en la práctica una verdadera carrera profesional. Las medidas de la administración central en contra de los profesores en formación y la reducción de las ayudas de investigación a muchos departamentos que están afectando a becarios e investigadores completan un cuadro que en cierta medida se asemeja al existente en los años 80 y 90, y que dio lugar al movimiento de profesores contratados. La situación de muchos estudiantes frustrados por la imparable mercantilización de la vida universitaria y sus estudios, por la ausencia de participación real en las decisiones y la falta de proyectos transformadores, todo ello en un ambiente que ellos consideran de represión a sus iniciativas, completa un panorama problemático para la Universidad si no se le da cauce a través de soluciones integradoras.
       

El anterior rector hablaba de la necesidad de elaboración de una nueva ley universitaria, aunque se centraba principalmente en la demanda de un marco de financiación estable y en la capacidad de la Universidad para organizar y contratar a su propio profesorado.
       

A nuestro entender lo que es necesario es un cambio de filosofía en la elaboración de las leyes. Las comunidades nacionales entre ellas la vasca deberían de disponer de capacidad suficiente para crear su propio sistema universitario sin interferencias del Estado, pactando posteriormente con este las relaciones de interés común a efectos de reconocimiento de títulos, figuras y acreditaciones. Habría que garantizar una política universitaria compartida y no subordinada, teniendo en cuenta las tradiciones europeas compatibles con nuestra singularidad como nación. Naturalmente todo ello implica poner en la práctica el derecho de los pueblos como el vasco a decidir su destino político, manteniendo en todo caso con el Estado español unas relaciones de igualdad en las diferentes esferas políticas y entre ellas la universitaria. Pero eso corresponde a un problema político a dilucidar no estrictamente en el terreno universitario.