De esta forma, Francisco Pérez entraba a formar parte del mismo ejército en el que estuvieron los también generales Mola y Sanjurjo, cuyos restos continúan en el Monumento a los Caídos levantado durante la dictadura franquista.

El Arzobispado Castrense de España es el ordinariato militar de la Iglesia católica para las Fuerzas Armadas españolas, y sus estatutos fueron aprobados por el Vaticano en noviembre de 1987. Cuenta con una Catedral Castrense en Madrid, también conocida como Iglesia Catedral de las Fuerzas Armadas, situada muy cerca del Palacio Real.

Este Arzobispado Castrense está organizado en cinco vicariatos, correspondientes a las cinco ramas de las Fuerzas Armadas españolas: Ejército de Tierra, Armada, Ejército del Aire, Guardia Civil, Defensa y Servicios de Información. Su jurisdicción se extiende, además de a los capellanes militares, a 13 parroquias en los cuarteles militares. También cuenta con un seminario propio, el colegio sacerdotal castrense Juan Pablo II, con sede en Madrid.

Como arzobispo castrense, Francisco Pérez visitó en varias ocasiones a tropas españolas destinadas en zonas en conflicto. En este cargo continuó hasta el verano de 2007, cuando fue nombrado arzobispo de Iruñea y Tutera en sustitución de Fernando Sebastián. Un año antes, en julio de 2006, fue nombrado director de la recién creada cátedra de Misionología de la Facultad de Teología de San Dámaso de Madrid, tras ser designado para el cargo por el entonces cardenal Antonio María Rouco Varela, uno de los jerarcas más conservadores de la Iglesia católica en el Estado español y figura destacada del nacionalcatolicismo.