Según ha informado el club babazorro, Hernán Pérez comenzó a jugar en la escuela de fútbol Cristobal Colón de Ñemby, donde se coronó como el goleador del equipo en la categoría sub-15.

En 2005, llega a la máxima categoría de la liga paraguaya con el Tacuary y comienzan a destacar su velocidad y llegada por la banda derecha. En 2008, llega al Club Libertad Asunción en calidad de cedido y un año más tarde el Villarreal lo ficha por 5 temporadas.

En enero del 2014, es cedido al Olympiacos griego hasta final de temporada. Más tarde ficha por el Valladolid y el 3 .de julio del 2015 firma por el Espanyol.

En 2010, debutó con la selección absoluta de Paraguay, con la que ha disputado 12 encuentros y ha anotado 5 goles.