La Audiencia Nacional ha ratificado su intención de no indemnizar como «víctimas del terrorismo» a víctimas de los GAL a las que considere del «entorno de organizaciones armadas». En marzo de 2014 un informe redactado por el Instituto Vasco de Criminología ya advirtió que cerca de 35 afectados han dejado de recibir indemnizaciones
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Así consta en al menos dos sentencias dictadas por la Sección Quinta de la Sala de lo Contencioso-Administrativo en las que el tribunal confirma la decisión del Ministerio del Interior español de rechazar las indemnizaciones solicitadas por las familias de Joxean Lasa y Joxi Zabala, y del diputado de Herri Batasuna (HB) Josu Muguruza, que fue tiroteado en Madrid en 1989.

Asimismo, la sentencia sostiene que «para acreditar la participación o pertenencia a una organización criminal de los solicitantes de la indemnización no es necesaria la existencia de una sentencia penal» que así lo declare y basta con que «se infiera racionalmente de datos objetivos» que formen parte de una investigación.

La Audiencia Nacional entiende por tanto, al igual que Interior, que respecto a ciertas víctimas de los GAL es de aplicación el convenio europeo, que entró en vigor en el Estado español el 1 de febrero de 2002, que prevé la posibilidad de reducir o suprimir la indemnización si la víctima o el solicitante «participan en la delincuencia organizada o pertenecen a una organización que se dedica a perpetrar delitos violentos».

Por contra, sí estima el recurso de la familia de Angel Etxaniz, cofundador de EGIN y muerto en un ataque del BVE en agosto de 1980, puesto que entiende que su trabajo en el periódico y su militancia en Gestoras Pro Amnistia o HB no acreditan «su participación en organizaciones criminales».