Nacido en Gasteiz, en dos ocasiones lideró a los jeltzales en Araba, como presidente del Araba Buru Batzar. Primero entre 1983 y 1987 y, después, en 2012, cuando se impuso a Iñaki Gerenabarrena en las elecciones internas. 

Agirre fue la mano derecha de Atutxa durante su estapa como Consejero de Interior, entre los años 1990 y 1999.

Administrativo de formación, su desempeño profesional estuvo ligado a la Caja Vital. 

Agirre tuvo una fuerte polémica con Ezker Batua después de que la abstención de esta formación invistiera a Javier de Andrés (PP) en el año 2011. Agirre había empatado en apoyos con De Andrés, tras haber conseguido los votos favorables de EH Bildu. Sin embargo, la abstención de Ezker Batua hizo que al candidato del PP le valiera el ser la lista más votada.

Agirre aseguró que la negociación con Ezker Batua fracasó porque le pidieron que colocara a una trieina de personas en puestos clave de la obras social de La Vital y otras instituciones. El testimonio del jeltzale dio pie a una obra de teatro sobre el suceso.