En 1858, en el barrio judío de Bolonia, los soldados del Papa irrumpen en la casa de la familia Mortara. Siguiendo órdenes del cardenal, han ido a coger a Edgardo, el hijo de siete años. El niño fue bautizado en secreto por su nodriza cuando era bebé y la ley pontifical es indiscutible: tiene que recibir una educación católica. Los padres de Edgardo, conmocionados, van a hacer todo lo posible por recuperar a su hijo. Apoyados por la opinión pública de la Italia liberal y la comunidad judía internacional, la lucha de los Mortara no tardará en cobrar una dimensión política. Pero la Iglesia y el Papa se niegan a devolver al niño, tratando así de consolidar un poder cada vez más debilitado.

Esta es la base de la nueva película de Marco Bellocchio, cineasta que, en varias ocasiones, ha mostrado de manera clara y contundente su disconformidad con la Iglesia católica. Según dijo, «la historia del rapto de este niño judío me interesa especialmente porque me permite, por encima de todo, plasmar en la pantalla un crimen cometido en nombre de un principio absoluto: ‘Te rapto porque Dios lo ha querido así’».