Las pocas personas que coincidieron con él en la Caja de Ahorros Vizcaina y que todavía trabajan en BBK recuerdan a Villalabeitia como una persona de trato amable y cercano, aunque también apuntan que tuvo una salida «poco elegante» de la entidad, recién nombrado director general y cuando aún estaba en la treintena. «Parece que la caja se le quedó pequeña», señalan. Su nombramiento fue en sustitución de José Antonio Bontigui, que se marchó a dirigir el Banco Guipuzcoano en 1988 y bajo cuyo mando había ejercido de subdirector de Inversiones.

Este «chico de la Comercial» -quienes le conocen de la época universitaria le describen como uno de los más listos de su promoción- entró en Argentaria en 1993, tras haber sido director general del Banco Cooperativo Español durante tres años. Al incorporarse a Argentaria fue designado consejero delegado del Banco de Crédito Local, hasta que en la reestructuración de 1995 fue puesto al frente de Caja Postal. Como resultado de la fusión de las unidades de negocio de Argentaria, en 1998, le nombraron director general de Banca Mayorista.

En octubre de 1999, tras la fusión con el Banco Bilbao Vizcaya, asumió la Dirección General de la Banca de Inversiones y Mercados, y tras la reestructuración de 2001 fue nombrado director general del Grupo Industrial de BBVA.

Villalabeitia ha formado parte de los consejos de administración de Metrovacesa, Gas Natural, Repsol e Iberia, y en la actualidad es socio de Seeliger y Conde, dedicada a la selección de directivos.