Prestakuntzaz autodidakta izanik, Juan Luis Goenaga oso gaztetan hasi zen pintatzen eta marrazten bere jaioterrian, lehenik Julian Ugarte eta José Camps margolariekin, gero Gipuzkoako Elkarte Artistikoan, eta, ondoren, Ur eta Gaur taldeen proposamen artistiko berritzaileekin lotuta (1965).

1968 eta 1969 bitartean, Madrilera, Parisera eta Erromara joan zen, eta Bartzelonan bizi izan zen aldi batez; han, grabatugintza ikasi zuen Liburuaren Arteen Kontserbatorioan, eta San Jorgeko Arte Ederren Eskolan egin zituen ikasketak tarte labur batez.

Donostiara itzuli zen bere kabuz lan egin eta ikastera, eta 1969an Alkizako herrian finkatu zen, 70eko hamarkadan isolatuta lan egitea ahalbidetu zion landa-gune batean, inguruko paisaiarekin etengabeko kontaktuan. Han, elementu errealen irudikapenak, bere ibilaldietan aurkitzen zituen belar, adar edo sustraiak adibidez, irudi ezohikoak eta indar poetiko eta teluriko handikoak sortzeko aukera eman zion.

Hain justu, lan goiztiar horiek daude ikusgai Bilboko Arte Ederretako museoak otsailera arte zabalik dagoen erakusketan. Artistak –20 urte baino ez zituen– inspirazio-iturri indartsua aurkitu zuen bere lanerako Euskal Herriko naturaren eta paisaiaren balioen abstrakzioan.

Urte horietan, naturari eta primitibotasunari buruzko erreferentziak haren praktika artistikoaren elementu bereizgarri izan ziren, eta hori ez zen pinturan soilik gauzatu, argazkigintzaren bidez eta objektu eskultorikoak eraikiz ere garatu zen. Obra horietako batzuk, margolanekin batera, 1973an erakutsi ziren Durangoko Udal Kultur Aretoetan. Hilabete batzuk lehenago, Goenagaren bakarkako lehen erakusketa egin zen Donostiako San Telmo Museoan.

Aurkezpen horien ondoren, erakusketa-aldi bizia izan zuen: bakarkakoak Bilbon, Donostian, Gasteizen edo Madrilen. 1978an, Arte Ederren Bilboko Museoak haren lanaren erakusketa garrantzitsua hartu zuen.

80ko hamarkadaren hasieran, Goenaga Alemaniara joan zen, eta Alemaniako neoespresionismoaren eragina jaso zuen, aurreko obran jada bazegoena sakonean, baita Italiako transabangoardiaren eragina ere. Mihiseari materia piktorikoa aplikatzen hasi zitzaion, lodia eta oso enpastatua, keinu biziz. Garai hartan, giza irudia ere berreskuratu zuen, eta obra figuratiboa egin zuen pertsonaiekin eta hiriko tokiekin. 1980an Donostiara joan zen denbora batez, baina hiru urte geroago Alkizara itzuli zen.

Naturak, giro urbanoak, intimotasunak... eragina izan zuten bere obratan, garai bakoitzean emandako garapenean. Nabaria zen baita arkeologia, historia eta geologiarekiko bere interesa.

Haren lanak aitortza publiko garrantzitsuak jaso zituen orduan, hala nola Zumetarekin ex aequo irabazitako lehen saria Donostiako Pinturaren I. Biurtekoan, 1985ean, eta Lakuak antolatutako Gure Artea lehiaketako lehen pintura saria, 1987an. Gainera, bakarkako erakusketa garrantzitsuak egin zituen Madrilen (1986 eta 1989), New Yorken (1987) eta Parisen (1985 eta 1988); azken hiri horretan denboraldi luzeak egin zituen 1990era arte. 2020an Donostiako Kubo Kutxak atzera begirako bat eskaini zion.

2022ko abenduan Xabier Saenz de Gorbea Saria jaso zuen eta elkarrizketa eskaini zion NAIZi. «Margotzea behar fisiko bat da niretzat, jakia baino inportanteagoa agian», adierazi zuen.