EH Bildu no ha apoyado la bandera oficial aprobada por el pleno municipal de Bilbo. El concejal Lander Etxebarria ha explicado su postura argumentando que se trata de una bandera impuesta por una orden de 1845 de la reina española Isabel II a la provincia-marítima de Bilbo y que se consolidó durante el franquismo.

Etxebarria ha señalado que el 25 de julio de 1919, el pleno aprobó otra bandera para «rechazar al régimen antiforal de los borbones decimonónicos» a iniciativa del PNV. Esa enseña llevaba un aspa roja sobre fondo blanco.

Por ello, desde EH Bildu han vuelto a exigir un proceso participativo para elegir la bandera.